（一）两者计算出来的收入额和费用额有可能相同，也有可能不同
由于权责发生制和收付实现制确定收入和费用的基础不同，因此，它们即使是在同一时期对同一业务计算的收入和费用额有可能不同，也有可能相同。
（二）会计科目的设置不完全相同
权责发生制：有必要设置一些待摊和预提账户
收付实现制下：不需要设置待摊和预提账户
（三）权责发生制计算的盈亏比收付实现制计算的盈亏准确
（四）权责发生制比收付实现制的会计核算复杂
目前，我国的行政单位会计主要采用收付实现制，事业单位会计除经营业务可以采用权责发生制以外，其他大部分业务也采用收付实现制。
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